每屆之中堅企業遴選申請須知於官網公告，企業於公告受理期間內，於線上申請網站上傳申請文件，提出申請。

若申請文件未齊備，將通知申請企業補送；企業於3個工作天內（不含通知當日）完成補正。

依產業類型，分為製造業類別(金屬機電、民生化工、電子資訊)及服務業類別(商業與文創服務、技術服務、網路服務)等類組進行書面審查。

會議審查時，應由企業高階主管出席簡報，原則上每案審查40分鐘，其中企業簡報20分鐘、詢答20分鐘。

召開類組召集人聯席會議，擇優推薦一定比例之企業為卓越中堅企業決審候選名單，並決定潛力中堅企業名單及卓越中堅企業建議名單。

由經濟部部長召開中堅企業發展推動小組會議辦理決審，決定卓越中堅企業名單。